Изучение вклада различных факторов дизайна праймеров в их эффективность при количественной полимеразной цепной реакции 2020-07-07 2020-07-07 Праймеры являются ключевым фактором успешной количественной полимеразной цепной реакции. Качественный дизайн праймеров обеспечивает высокую специфичность и эффективность. При разработке праймеров необходимо понимать, что изменение одного параметра праймера повлияет на другие параметры. Проводили кПЦР следующих генов: IL1B, IL6, CXCL8, IL12A, IL23A, PECAM1, VWF, KDR, FAPA, ACTA2, SMTN, VIM, COL4A1, MMP2, SNAI2, TWIST1, ZEB1, SCARF1, CD36, LDLR, VLDLR, VCAM1, ICAM1, SELE, SELP, CDH5, IL1R1, IL1R2, TNFRSF1A, TNFRSF1B, NOS3, PXDN. Праймеры были разработаны in silico в программе Primer-BLAST. Коэффициент детерминации коррелировал с количественной оценкой качества праймеров Beacon Designer. GC в обратном праймере коррелировал с температурой плавления. Эффективность, напротив не коррелировала ни с содержанием GC, ни с Beacon Designer, однако коррелировала с длинной и содержанием GC в обратных праймерах. Все указанные коэффициенты корреляции находились в диапазоне от 0,4 до 0,5 либо от -0,4 до -0,5, отражая корреляционную связь средней силы. В то же время остальные параметры (как для пар, так и отдельно для прямого и обратного праймеров) не влияли на эффективность и коэффициент детерминации кПЦР. Таким образом, при соблюдении основных правил дизайна праймеров их параметры незначительно влияют на эффективность и коэффициент детерминации кПЦР. Богданов Лев Александрович 4.3.3 1.7 3.56.6 ru кПЦР, дизайн праймеров, ампликон, эффективность, коэффициент детерминации, экспрессия. 2.1 Internal access Депозитарий КемГУ 2020 1289 7790 7786 1614 24 7981 Кемеровский государственный университет rector@kemsu.ru (3842) 58-38-85 Ларионов А.В. 2020-07-07